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1）知识产权
（1）要质还是要量：认定办法中对知识产权采取了量化的方式，尽管进行了分类评价，但仍然没有考虑到不同行业、不同规模的企业在获得知识产权类型及时间节点的问题，如生物医药类企业基本以发明专利为主但授权时间较长，软件定制类企业多以软件著作权为主，但评价分数并不占优，应考虑不同行业知识产权的分布情况进行综合评价。同时单纯的量化指标也催生了大量的垃圾专利，违背了科技创新的初衷，造成了公众资源的浪费，企业无故的付出，催生了一批以编造知识产权为生的公司。
（2）时效性：企业的研发过程是1个相对系统的活动，仅有研发活动的存在才会有知识产权的产生，应紧紧围绕研发活动及主营业务进行知识产权规划，知识产权应该与研发活动紧密关联，而不应该脱离研发活动。因此企业有规范的研发项目管理是前提，知识产权的获得通常不早于研发项目立项初始时间。
（3）权利人共有：企业研究开发的过程通常不能自己独立完成，社会的发展形成了专业化分工，这样有利于提升效率。多数情形是通过委托开发、合作开发或集中开发形成研发项目主体，那么就会产生2个以上权利人共有的情形，那么这种形式获得的知识产权在评价时不应降低分值，原因在于一是鼓励合作研究开发，二是强化专利权人的署名意识。
（4）获得方式：在获得方式上无论是自主研发、受让、受赠还是并购都是获得知识产权的重要路径，而不能由于获得方式的不同而区别对待，这样有利于知识产权的运用和管理，而不会造成知识产权资源的闲置浪费。通过市场交易进行对价有利于企业重视高价值专利的培育，减少垃圾专利的产生，因此我们必须额外关注的是价值较低或关联度较差的知识产权的转移，而不是转移行为本身。
2）科技人员
（1）人员占比：科技人员占企业职工总数占比，是判断企业是否为技术密集型的重要标准，而高学历科技人员的构成，则是判定知识产权密集型企业的1个重要指标，研究开发过程中最重要的投入就是智力投入。在中小型企业中尤其是100人以下企业中，研发人员占比通常容易达到指标，但100人以上企业中就很难达到相应指标，容易被一票否决，那么规模以上（例如上市公司）的研发生产企业在人员占比方面就不占据优势。
3）研发费用
（1）研发费用投入强度：在没有可期的经济效益或社会效益情况下，通常企业偏向于减少研发费用的发生，利用较低的研发成本获得较高收益。例如独立开发能力欠缺的情况下采取委托开发方式，前期采取跟随战略进行模仿（仿制药），这些都是市场经济下正常的行为，前提是符合相关政策法规。研发投入的高低能否证明企业的创新能力呢？显然不是，例如研发投入分别为5元和10元，但产生的收益均为100元，那么这两种情况下，哪个更有价值？很显然是投入5元产出100元更符合市场行为，但导入到高新技术企业指标中，5比100，与10比100，后者研发占比更高，反而得到优待，这样的情形下我们必须重新考虑指标的合理性。
（2）研发投入产出的周期性：研究开发是1个验证可行性的科学行为，面临较大的风险和不明确性，新产品的诞生初期以研究开发投入为主，当期并不会产生较大的收益，不同行业有不同的行业周期，通常在半年到5年之间不等，如软件类可能在半年甚至更短，生物医药类可能在5年或更久，那么在这种情况下，以研发费用占收入占比进行判定则有些偏颇，背离了政策具有引导性的初衷。
（3）研发费用构成：研究开发活动是为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的活动。在这个活动中主要分为研究阶段和开发阶段，研究阶段目的在于通过前期的市场调研、技术调研、产业分析等降低开发风险，提高效益，好的研究开发工作通常会在研究阶段投入大量的人力物力和财力；开发阶段主要涉及到资料投入、仪器设备无形资产摊销、检验检测调试费，以及直接相关的辅助费用，如咨询费、知识产权费、会议费，知识产权中相关专利检索费、分析评议费、代理费、诉讼费等与企业研究开发紧密相关的费用是否能够从其他费用中摘出来是值得考虑的。
（4）委托开发费用：由前文引出的开发方式，为了鼓励企业开展多种形式的技术交流活动，应考虑取消“委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则明确，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额内容，原因在于一鼓励多种形式技术合作，多维度创新，二是便于财务核算及评价，引导研发投入。
4）科技成果转化评价
科技成果具有三层含义：通过研究开发所产生；具有实用价值；通过鉴定、验收、评估、评价等路径是成熟的结果，科技成果与专利、软件著作权等知识产权不能混同，一项科技成果可能是多项知识产权加以保护，工作指引中并未对此详细阐述，导致技术专家在评价时不能准确判定。此外企业的核心在于获得收益，而不能照搬《促进科技成果转化法》中有关条款，应结合企业实际，根据不同行业属性和不同规模进行分类评价，举例如新药类企业、农业深加工与软件定制类企业对其成果转化能力进行评价时就不能简单用数量进行评价。由于本项在评分环节占据了30分，因此企业对此争议很大，由于误判而导致部分新兴产业企业无法通过认定。
在新的认定办法出来以前，征求意见稿中科技成果转化能力为20分，组织管理水平为30分，笔者偏向于征求意见稿，由于仅有组织管理水平才是高新技术企业的核心，也是推动企业不断提高管理能力的重要动力。企业不是所谓成果产生的主体，科技成果一词多见于大学科研院所，对于企业而言既陌生又无法理解，认可度较差。既然前置的科技成果无法认可，那么后面所讲转化数量及转化形式更是五花八门，导致许多争议。设置此项是为了促进企业发展，而不是让企业去做科技成果转化，目的和手段的逻辑关系不能倒置，否则就是背离了政策初衷。
5）财务指标评价
财务性指标占有评分标准中20分，有的企业为了财务指标好看而出现了部分造假情况，由此我们应该反思此项评价是否合理。企业的发展具有一定的波动性，同时受制于市场经济发展，较高的研发投入与财务较高增长性是负相关关系，因此财务指标简单的量化是无法判定1个企业的技术含量的。由于财务成长性又依赖于计数基数，对于成立多年的企业显然有失公平，导致许多成熟期的企业不能获得较高评价。成熟期企业在组织管理方面更完善，技术更成熟、人员更稳定，但由于财务指标的不合理性反而给出了相反评价，显然不符合促进经济发展的初衷，在后续办法修订时应考虑其指标存在的合理性。
6）认定时效
根据工作指引，自认定年度起企业能够享受税收优惠政策，但企业在申请时重点考核的是认定前3年的指标，这样就产生了1个时效性衔接的问题。按常理讲符合条件的年度内应该享受优惠政策，现行政策中反而是认定前3年符合要求，而享受反而是认定后3年内，那么就造成了企业要在六年的期间内符合政策要求但实际能享受的期限限定在了3年。
