《高新技术企业认定管理办法》、《高新技术企业认定管理工作指引》和《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》分别对高新技术企业认定和研发费加计扣除中研发费的归集内容和要求进行了规定，两者虽同为研究开发费用，但由于适用政策的不同，还存在着以下差异：
归集用途不同
在高新技术企业认定时，归集研发费的目的在于计算研发费占销售收入的占比是否符合规定，这是申请时的一项必备条件;而加计扣除政策中，归集研发费是为了按其发生额的50%，在计算应纳税所得税时加计扣除。
归集要求不同
高新技术企业的研发费需在认定或汇缴备案时报送《企业年度研究开发费用结构归集表》等相关资料;而加计扣除的研发费在享受加计扣除优惠时需履行备案手续，填报《可加计扣除研究开发费用情况归集表》等相关资料。
归集口径不同
两者虽为同一研发过程中发生的费用，但八大项费用的具体归集口径不同。总体而言，高新认定研发费的口径大于加计扣除中研发费的口径，两者之间的差异主要体现在：
(一)人员人工。加计扣除中人员人工只包含研发人员的薪水、薪金、奖金、津贴、补贴，而高新认定除上述内容外，还将企业缴纳的研发人员基本社会保险费用、公积金补助费、外聘研发人员的劳务费用等与其任职或者受雇有关的其他支出也列入研发费中。
(二)直接投入。加计扣除中的直接投入包含资料、燃料、动力费用以及专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发制造费。而高新认定中除上述内容外，还包含试制产品的检验费、用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费等。
(三)折旧费用和长期待摊费用。加计扣除中该项只包含专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。而高新认定中还包含研发在用建筑物的折旧以及研发改建、修理中的长期待摊费用。
(四)委托外部研究开发费用。高新认定规定的研发费第七项为“委托外部研究开发费用”，而加计扣除的规定中则没有这一项。两者对委托外部研究开发费用的处理是不同的，前者要求委托外部研究开发费用发生额的80%计入研发费用总额。后者要求委托开发的研发项目，由委托方按照规定计入研发费用，并无占比的要求，且在归集时要求受托方提供相应的费用支出明细表。
(五)其他费用。由于高新认定时采取了不完全列举的方法，而加计扣除则采取正列举的方法，因此加计扣除政策中未列举的项目，都不容许计入加计扣除的范围。而高新认定中的研发费还包含为研究开发活动所发生的其他费用，如办公费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等。
