最高人民法院《关于全国部分法院知识产权审判工作座谈会议纪要》认为:人民法院受理的知识产权纠纷案件和其他民事纠纷案件中,因涉及权利冲突的,一般应由当事人按照有关知识产权的撤销或者无效程序,请求有关部门先解决权利冲突后,再处理知识产权侵权纠纷或者其他民事纠纷案件。经过撤销或者无效程序未能解决权利冲突的,或者自当事人请求之日起3个月内有关授权部门未作出处理结果且又无正当理由的,人民法院应当按照民法通则规定的诚实信用原则和保护公民、法人的合法民事权益原则,依法保护在先授予的权利人或在先使用人享有继续使用的合法民事权益。这一规定代表着,对于已经申请注册与授权而获得的两个权利,法院在判决中直接按照在先权利原则,否定在后的权利,而不管当事人是否要求申请注册与授权机关处理或者申请注册与授权机关是否处理。也就是说,尽管是否撤销商标或者专利不属于法院的主管范围,但法院不问是否撤销,都能够根据在先原则判定事实上是否侵权。①从法律上讲,权利冲突的前提是,发生冲突的权利都是合法取得的权利,至少在形式上履行了注册商标或专利申请程序取得的权利。在经合法程序取得的权利未按照法定程序消灭以前,原则上其权利应当认定为合法。因此,有必要先履行撤销或宣告无效程序,其次再处理民事纠纷。可是由于发生冲突的权利通常都是不同的部门授予,并且该权利是由行政部门授子的民事权利,由行政程序解决民事权利之间的纠纷,就授予民事权利的行政机关而言,行政机关仅仅能够纠正其授权行为的瑕疵。但法院则是从民事权利争议的角度裁决民事权利的归属,与行政机关的行为性质不同,当事人是否履行行政的撒销或无效程序,不是法院能否进行裁决的先决条件。这反映了司法权力在直接纠正权利冲突当中司法权利的优越性,与TRIPS协议所规定的终局的行政决定均应接受司法或准司法机构的审查的知识产权的执法要求是一致的。外观设计专利权与商标权之间冲突的解决,根据在先原则,直接由司法部门(法院)裁决权属纠纷,是在先性原理在司法上的体现。这一原理在行政部门之间处理此类权利冲突时,也是同样重要的。1995年,国家工商局《关于处理商标专用权与外观设计专利权权利冲突问题的意见》(以下简称《意见》)指出:“商标专用权和外观设计专利权是重要的知识产权,分别受《商标法》和《专利法》的保护。这些权利的取得,应当遵守《民法通则》中诚实信用的原则,不得侵害别人的在先权利。对于以外观设计专利权对抗别人商标专用权的,若该商标的初步审定公告日期先于该外观设计申请日期,在该外观设计被撤销或者宣告无效以前,工商行政管理机关能够依据《商标法》及时对侵犯商标权案件进行处理。”在执行《商标法》以及查处侵犯商标权行为的过程中,一些被查处对象以被查处的侵权商品的外包装(内含与别人公告在先的申请注册商标相近似的文字、图形)已获得外观设计专利权为由,对抗别人商标专用权,致使此类商标案件难以得到及时处理,使注册商标人的权益受到了不应有的损害。《意见》根据在先性原则,提出了商标专用权与外观设计专利权发生冲突时,由工商行政管理部门依据申请注册商标与外观设计的文字或图形是否相同或近似,无需经过外观设计的无效宣告或者撤销程序即予以查处。尽管这一《意见》从执法的角度看存在不完全合理的一面,但在先性原理在此又一次得到实证。从理论上讲,不是在先性原则有悖于法理,而是行政机关授予民事权利这一“私权”的特性所致。