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近些年，税收筹划在对商标估价时日显重要，这是增加公司商业价值最有效的途径之一。从历史习惯上讲，公司在向其附属企业提供技术或管理服务时要收取费用，但对附属企业使用总机构或母公司的商标，却不收取或收取很少的费用。现在有一些公司已开始向使用者收取特许权使用费，发生这种转变的主要原因是合资企业的不断增多，特别是这些公司到新的地区兴办企业，这些企业也要求其生产的产品使用关联公司的商标。
随着支付商标使用费的普遍推行，许多国家的税务当局都开始注意商标转让以及估价问题，如美国和英国税务当局都要求在其本国的母公司要向其附属企业收取商标使用费。这种处理方法，导致许多跨国公司积极筹划商标的最有效申请注册地，以达到合法避税的目的。现在已有愈来愈多的跨国公司将商标和其他无形资产的所有权转移到在国际避税港申请注册的控股公司，其次反过来向使用这些无形资产的附属企业收取特许权使用费，从而达到合理避税的目的。这样做，又迫使税务当局积极研究其对策。例如，根据英国对紧密型外国公司的有关管理规定，在英国的公司很难将知识产权转移到境外的控股公司，原因是英国税务当局对在其本土的公司以及外国附属企业的营业利润都按同样方式征税。
根据最新调查，有三分之一的公司仍容许关联企业无偿使用其申请注册商标，有三分之一的则采取象征性收费方式，另三分之一的则按销售收入的5%-10%收取使用费。商标作为一项知识产权，涉及税收的问题主要体现在使用、开发和销售3个方面。
使用：税务当局都期望没有知识产权所有权的使用者支付特许权使用费，而有所有权的则收取特许权使用费。实际支付的使用费能够作为营业费用扣除，但仅限于税务当局认定的合理占比之内。大多数国家对支付的特许权使用费规定要征收预提所得税，征收的占比大多数是通过国与国之间的税收协定来规定的；
开发：对商标开发成本可否税前扣除和怎样扣除问题，有的国家是规定统一的扣除标准，有的国家规定从应税所得额中照实列支；
销售：涉及两项税收问题，一是对转让所得是否征税。商标开发一般不涉及用转让收益去抵补资本支出问题，因此，转让商标使用权收益应缴纳资本利得税。但在1个集团公司内部，1个公司取得的转让收益能够抵减另一公司的亏损，对此问题的处理在不同国家是不太一样的。另一问题是对取得知识产权的支出可否分期摊销。有的国家规定该项支出可抵减以后可能取得的资本利得，有的则规定可在计算所得税前作为购进无形资产的费用分期摊销。
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