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国家高新技术企业认定后每一年必须按要求进行各种系统填报，否则直接影响高新技术企业的相关税收等优惠政策，现在根据往年的填报将有关常见问题如下：
一、每个月15日前在深圳市科技业务管理系统(https://apply.szsti.gov.cn/)填写上个月财务月报数据;
二、根据研发部提供的研发项目，单独设立研发费用明细账，在年底核定统计全年研发费用支出占比是否符合国家高新要求;
三、领取国家高新技术企业认定证书后，于5月31日前带证书等资料到税局进行备案，方可享受企业所得税减按15%征收的优惠政策;
四、每一年3月底前在火炬统计调查信息系统(https://tyrz.chinatorch.gov.cn/hjismp/a/login#tj)完成火炬统计年报填写;
五、规模以上企业(工业企业上年度销售收入2000万以上)需在统计联网直报平台(http://ytb.stats-sh.gov.cn/)完成企业统计年报的填写;
六、每一年5月31日前需在高新技术企业认定管理工作网(https://tyrz.chinatorch.gov.cn/hjismp/a/login#gq)报送上1年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表，在同一高新技术企业资格有效期内，企业累计两年未按规定时限报送年度发展情况报表的，由认定机构取消其高新技术企业资格，在“高新技术企业认定管理工作网上公告。
七、按照国家税务总局《关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》(国家税务总局公告2015年第97号)要求对研发费用进行归集并设置辅助账，并于每一年5月前在税务部门办理加计扣除;
8、当年的销售收入首次达到2000万以上的工业企业需在10月份到区统计局备案，获取统计联网直报平台系统账号;
9、知识产权作为高新技术企业认定的重要考核指标，建议企业每一年规划申请最少3项以上产品核心知识产权。
国家高新技术企业税收优惠政策：
(一)所得税率优惠。高新企业享受15%的优惠所得税率，相当于在原来25%的基础上降低了40%。
(二)“两免三减半(取消)。原深圳特区以内，2008年1月1日以后成立的企业自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年至第2年免征企业所得税，第3年至第5年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。
(三)人才安居购房补贴。高新技术企业能够推荐一位本公司的深圳高层次人才申请奖励补贴，补贴标准为：龙华新区320W(100%配套)，宝安区320W(100%配套)，光明区280万(120万)，福田区170万(10万)，其他区域均160W。
(四)高新技术企业符合条件的技术转让所得免征、减征企业所得税。1个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税;超过500万元的部分，减半征收企业所得税。
(五)高新技术企业固定资产加速折旧。容许加速折旧的固定资产包含：1、由于技术进步，产品更新换代较快的固定资产;2、常年处于强震动、高腐蚀状态的固定资产。采取缩短折旧年限方法的，最少折旧年限不得低于本条例第六十条规定折旧年限的60%;采取加速折旧方法的，能够采取双倍余额递减法或者年数总和法。
(六)研发费用加计扣除。企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照企业研究开发费用的50%加计扣除;形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
(七)取得国家高新技术企业证书后可享受各区相应认定补贴，如：深圳市直接奖励5万元，重新认定3万元，龙岗区(高新复审10万)30万，南山区10万(复审10万),福田区20万(高新复审5万),龙华新区(高新复审20万)、宝安(复审10万)、光明新区、罗湖、坪山、盐田等都是30万，大鹏区20万。
(八)进入高新区股份代办系统进行股份报价转让的高新技术企业，予以最高180万元资助。
(九)高新企业认定是新三板上市的必备条件，优先批准符合上市条件的股份制高新技术企业股票上市。
(十)高新企业认定是申请各级相关政府资金的必备条件之一。
(十一)高新企业可优先获得办公及工业用地的获批。
(十二)深圳市每一年从债券发行总额中拨出20%的额度给符合发行条件的高新技术企业。
(十三)在2008-2020年，深圳将建成500万-600万平方米创新型产业用房，支持高新技术产业发展。
(十四)高新技术企业认定将有效地提高新技术企业业的科技研发管理水平，重视科技研发，提高新技术企业业核心竞争优势，能为企业在市场竞争中提供有力的资质，极大地提升企业品牌形象，无论是广告宣传还是产品招投标工程，都将有非常大的协助。
(十五)高新技术企业对于任何企业都是1个难得的国家级的资质认证，对依靠科技立身的企业更是不可或缺的硬招牌，其品牌影响力仅次于中国名牌产品、中国驰名商标、国家免检产品。
